Lo que tienes que hacer es agregarle un sufijo a la clase que define el módulo que querés cambiar de color.
Para eso debes ir a Administrador--> Módulos -->Módulos del Sitio.
Clic en el nombre del módulo que quieres modificar (para entrar a la pantalla de edición de parámetros)
Allí busca el campo donde dice sufijo de clase de modulo.
agregale algo así como "-cambio" o lo que quieras sin espacios.

Luego en el archivo CSS de la plantilla agrega la clase ".modultable-cambio"
y definela como quieras.
puedes utilizar la existente .modultable para copiarla y modificar lo que sea necesario.
En caso de los menús puedes además modificar las clases que definen los items de los menús.

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